Я так понимаю вы меняли постоянные ссылки после опубликования постов? Если так, то возможно яндекс просто не проиндексировал их еще, хотя я не спец. Но у меня была подобная ситуация, страницы со старыми урл до сих пор в индексе. хотя они уже под новым урл более двух месяцев...

Цитата
margo пишет: генерировались с помощью плагина

сам плагин обновляли?

Ссылке в виде "/?p=3864", это стандартные постоянные ссылки, и скорее всего плагин их пропустил что-ли) Я не профи, новидимо дело как раз-таки в само плагине) Я не использую для постоянных ссылок плагин, прописываю адреса своими руками через онлайн - транслитиризатор, чего и вам советую. В свою очередь, мне это здесь же на форуме и посоветовали)) 
Насчет откатить, может кто-то подскажет, хотя сомневаюсь...