Так как при обращении к сайтам http://site.ru и https://site.ru отдается одинаковое содержимое, то со временем они будут склеены в единую группу зеркал (более подробную информацию о том, какие сайты Яндекс считает зеркалами, Вы сможете получить на странице http://help.yandex.ru/webmaster/?id=995297). После склейки индексироваться и участвовать в поиске будут только страницы главного зеркала, которое будет выбрано в соответствии с указаниями директивы Host в файлах robots.txt всех зеркал.

Если Вы захотите сделать главным зеркалом сайт с защищенный протоколом, то значение директивы Host должно содержать префикс https// . Если же главным зеркалом должен стать сайт с обычным протоколом, то никакого префикса указывать не нужно.