Это не факт, но наблюдения, свой опыт и то что читал у других. Сайт на поддомене это полностью отдельный, не зависимый проект. Правда насколько знаю тематика желательна (а по моему обязательна) должна быть та же. К примеру сайт.1 строительный портал, а поддомен.сайт.1 дома из бруса. То есть обычно делают поддомены как узконаправленное продолжение основного домена или регионы разносят на поддомены.
Так, что ни какой привязки - счетчики и тому подобное нет, только возможно, как сообщил выше - тематика.

Цитата
kommdire пишет: На домен.ру установлен счетчик. Играет ли посещаемость сайт1.домен.ру на показатели счетчика домен.ру?

Счетчик считает заходы на те страницы, на которых он установлен. Если на домен и поддомен поставить один счетчик - будет считать все вместе. Вроде ни какими правилами это не запрещается, по крайней мере у ливинтернета, и в этом смысле суммировать посещалку выгодно. Но если позиционировать как полностью разные проекты, можно завести и разные счетчики. В общем, как больше нравится.

Влияния на ТИЦ прямого нет, но можно сделать, чтобы влияло, если с поддомена на основной домен направить много ссылок.

На выдачу, говорят, небольшое влияние есть, поддомен у трастового домена может стоять выше в выдаче, чем похожий на него, но отдельный сайт. Но влияние небольшое.

Как лучше? На мой взгляд, зависит от степени связанности проектов. Что-то проще двигать как один проект, а что-то как два независимых. Кроме того, иногда имеет смысл рассмотреть не поддомен, а папку на том же домене.

Поддомены разные сайты, тематика может быть совершенно разная. продвигать как разные сайты, сделать перекрестные ссылки.