1. Ничего страшного не произойдёт, т.к. поисковику плевать, что там отдаётся после заголовка с 404 ошибкой.
2. Логично, что варианты с редиректами htaccess или php 301 не подходят, т.к. заголовок нужен именно 404. Значит подходят либо javascript-редирект, либо работа без редиректа (зависит от CMS). Второй вариант предпочтительнее. Делается так: во время разбора uri обнаруживается отсутствующая страница, выводится главная страница (без изменения адреса, т.е. без перенапрвления), предварительно отсылается заголовок 404.