Два сайта: opelzip.ru и gmgauto.ru.
На первом сайте opelzip.ru загружено 10 млн страниц и 6,3 млн в поиске, на другом gmgauto.ru 0.87 И 0.78 млн соответсвенно. Т.Е. более, чем в 10 раз разница составляет.

Закрывать индексацию не надо. Видимость одного сайта в яндекс на порядок выше другого.

Разница почти в 10 млн страниц. При чем здесь пара ссылок?

Цитата
p2014 пишет: В каком направлении искать причину?

Возможная причина в прогонах на сайты. Если таковые вы делали. По крайней мере судя по икс. Кстати какая посещаемость у двух этих сайтов?

1. Яндекс мог ещё не разобраться с таким диким количеством страниц, и большую часть ещё не переварил, ждите. 2. Яндекс мог разобраться с таким диким количеством страниц, и большую часть выплюнул, как поисковый спам. Ждите, может, передумает (вряд ли). Сравнивать даже на 99.9% идентичные сайты бесполезно. Сыграл несколько раз ПФ у одного один, у другого - другой, пара раз отличался ответ сервера и прочие подобные мелочи - и вот уже совершенно разная индексация у ресурсов.

Цитата
Mango пишет: поставьте на не проиндексированные страницы пару ссылок

Вот мне всегда было интересно, что за бешеный принтер может вот так просто взять и поставить по паре ссылок на 9 миллионов страниц? 

Цитата
p2014 пишет: Не может ли быть какой-то "стратегической" ошибки...

Конечно, есть. Это явный аффилиат. Даже если долгое время живут сайты и Яндекс автоматом не наложил аффилиат-фильтр, то если будут позиции и траф - по стуку конкурентов вручную один из них зафильтруют. Причём у Вас спрашивать никто не будет, какой из сайтов оставить в индексе, а какой под фильтр засунуть. Подумайте серьёзнее об этом.