Что значит "сайт с хорошим онлайном"?
Рекламы какой-либо вообще нет?

один горизонтальный блок в шапке(под шапкой), второй в статье(в центре), третий блок"небоскреб" в сайдбаре!

"Мало кликов" - это из расчета какого соотношения "посетители/клики"? Хорошим считается 1:100, средним 1:300-1:600, плохим (как на 90% моих сайтов) - 1:700 и выше.Идем далее. Образование+халява - это аудитория, заведомо бедная и особо жадная. Я имею в виду твою ЦА. 
Страна актуальности твоих запросов. РФ и заграница более-менее платежеспособны, их клики могут варьировать от 0.05 до 20-80 центов, в среднем.
СНГ Гугл считает самыми бедными (беднее только Индия), и 0.01 цента за клик в этом случае - обычная и распространенная вещь.

Конкурентность и учет ПФ. Тут проведена работа? Чтобы не просто в СЧ-ВЧ сидеть высоко, а чтобы посетитель недосказанное и недонайденное искал в рекламных блоках? Слишком полноценная и конечная образовательная информация не есть гуд. Ты же не Вики, и не диссертацию пишешь.

Цитата
Роман Мартинишин пишет: с 3000 людей примерно 20-30 кликов.

Так это вполне нормально. ctr 1% у вас. Это естественный показатель.