Нормальных и бесплатных программ пока не встречал. По функционалу мне нравится сервис топ инспектор (у меня в подписи есть ссылка). Там при регистрации дают 50р на счет для пробы. Стоимость одного ключа без привязки к региону 50 копеек. Т.е. на 50р можно 2 месяца 50 ключей отслеживать. Там множество функций по отслеживанию позиций, можно ключи выгружать с метрики и гугл аналитики, можно указывать сразу целевые страницы для ключей, можно бесплатно добавить 2-ух твоих самых ярых конкурентов и по общим ключам отслеживать и их позиции, анализировать и сравнивать со своими. Очень удобный график для отслеживания скачков позиций в определенный интервал времени, например после начала прогона, закупки ссылок или очередного апдейта. Кстати все апдейты там тоже бесплатно отображаются. Каждый день позиции обновляются днем с 10.00 до 12.00, и показано где какие упали, а какие поднялись, много фильтров, можно смотреть отдельно яшу, гошу, а можно вместе. В общем регистрируйся, пробуй. Мне его хватает (имхо)