В первую очередь, проблема зараженных сайтов различными, сторонними вирусами, редиректами, вредоносными программами, становится то, что поисковые системы (ПС), накладывают метку на сайт, при выдачи. Сайт может угрожать компьютеру, распространяя вредоносное ПО. Владельцы сайтов, не всегда своевременно узнают об этом, чтобы проверить свой сайт на наличие метки в ПС, для Яндекса достаточно перейти по ссылке:
http://yandex.ru/infected?url=site-name.com

Также есть полезный сервис который сканирует по сигнатурам 30 различных АВ, но тут к сожалению тоже шибка надеется на сервис не стоит :
http://www.urlvoid.com/scan/site-name.com/


Ну и конечно же гугл, но гугл чето у нас вообще по всем позициям отстал((:http://www.google.com/safebrowsing/diagnostic?site=site-name.com


Бывает, что эти сервисы не помогают, но вирусная активность заметна.
Мой блог: http://portfob.ru