Снижение позиций в выдаче на 2-3 апа - нормальная реакция на прогон. Будешь дергаться и что-то кардинально менять на сайте - занизят вручную, особенно если проект крупный и достаточно известный. тИЦа могут отобрать, в вебмастере об этом написано. Ничего не будешь делать, спокойно наполнять сайт не дергаясь - всё будет ОК, позиции вернутся с лихвой.
Представьте что Вы на своем сайте вывесили видео где президента РФ (не дай бог) убивают крупным планом. Как думаете, появится миллион ссылок на сайт? Да за пару часов это расползется по всему интернету. И ничего страшного за это не будет. А робот не отличит, почему именно вдруг нарисовались все эти ссылки., прогон или реально что-то невероятно интересное на сайте возникло.
З.Ы. При массовом появлении естественных ссылок снижение трафа с поисковиков сайту только на пользу. С естественных ссылок всегда идет море трафа, так что для таких ситуаций это только в плюс, не положат сервер

Хозяин сайта, на который наставили гору естественных ссылок, будет слишком занят решением технических проблем как переварить весь этот траф, и даже не заметит проблем со снижением поискового трафика. А искусственный прогон... Сами понимаете. Так что терпение, только терпение.