Для редиректа 301 вида "ваш_сайт/index.php" на "ваш_сайт/" прописать в  .htaccess: 

RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ ваш_сайт/ [R=301,L]

Редирект с чего на чо ? С index.* на главную под другим названием ?

В область метатегов до title, чтобы сразу без загрузки был переход:
<script type="text/javascript">
document.location.href="http://сайт/главная.php";
</script>

Цитата
Штырлиц пишет: смотрим _http://devaka.ru/articles/redirect-301

"При использовании апача (apache) на сервере, переадресацию можно просто выполнить с помощью файла .htaccess, однако, при этом, не забыть включить модули mod_alias (для поддержки директив Redirect, RedirectPermanent и RedirectMatch) и/или mod_rewrite (для использования реврайта) в php.ini."
Я пишу-кодю в блокноте:D, так что я пользуюсь рабоче-крестьянским скриптом.

нет, в роботсе запрещать ничего не нужно
а две главные страницы это не есть хорошо, поэтому редирект нужен.

Цитата
Roman Belik пишет: RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/ RewriteRule ^index\.php$ ваш_сайт/ [R=301,L]

не рабочий вариант, т.к. перенаправляет на сайт.ру/сайт.ру, т.е. на не существующую страницу

Цитата
Штырлиц пишет: Redirect 301 /index.php http://сайт.ру

так же неверный вариант, т.к. содержит бесконечную переадресацию

Redirect 301 /index.php http://сайт.ру у меня данный вариант работает )