Jы все обычно ужимают - не думаю, что будет проблема, даже с обфускацией - правда, зависит, как делать будете и что у вас там.
HTML - таже картина - если проверенными инструментами, то проблем не будет - если браузер читает, то робот прочитает - опять же, какова реализация.

Правда, HTML стоит только в отдельных случаях, обычно не в режиме "продакшн" - то есть, когда отсылате, например, клиенту, чтоб посмотрел, до оплаты или еще как. Потому что, собственно, можно отображаемое, в значительной степени, реконструировать в код.