Второй день наблюдаю аналогичную картину.
Кол-во запросов не соответствует переходам с ПС

та нет, я бы всё это видел. Картина такая, что по запросам реально меньше заходит чем показывает счётчик. Разница довольно большая... Может не все запросы отображаются по какой-то причине?

Мб. У меня непонятки были с мылом - ливом и метрикой. На ливе к примеру 150 уников - на мыле 191, а на метрике все 300. Дергался и гуглил ища причину, а потом поступил иначе: просто забил на показатели и начал мониторить поведение (откуда пришли, по какому запросу, какая активность, что смотрели, на какой странице отказов больше и т.п). И знаете - не забиваю голову больше этим.