Присоединюсь к обсуждению, т.к. тоже начал заниматься переездом. 1. Если у Вас есть перелинковка из описания категорий, то меняйте вручную, поиск и замена не ищет по категориям.
2. Если я правильно понимаю, ползунок в настройках включает редирект? Его нужно переключить не сразу, а после полной склейки, если так?
3. 
4. Если выполнить пункт 2- нужно ли трогать htaccess?