free-writer, Особо не понял что вы хотите.
Сначала необходимо знать как у вас идёт синхронизация данных с 1с в каталог на сайте.
Если вы не поменяете название товаров и разделов то естественно url останется прежним, но если вы переместите товар в другие разделы то url сменится.
Но вообще можно всё поменять и нечего не поломать. к Примеру указываете rel="canonical" и название товара и раздела можно сменить без изменения url.
Если вы используете .csv файл то можно переделать под новую структуру. Синхронизация обычно использует "Внешний ID" и наименование.