Если у вас нет возможности оплатить услуги по поиску вредоносного файла на сервере, можно воспользоваться простым файлом, который поможет выявить уязвимые места на сайте, а так же найти файлы, содержащие вредоносные коды и скрипты. 100% гарантии нет, что он найдет всё, но самые известные выявит на раз.

- Итак, качаем файл по ссылке  _http://zalil.ru/32651485

- Заливаем в корень сайта

- Запускаем работу скрипта командой сайт.ру/ai-bolit.php и наблюдаем картину ( в моем случае, я специально залил шелл):


В вашем случае может быть другая картина. Работаю по WP
Идем в нужную директорию, находим файл, скачиваем к себе на ПК (на всякий случай) и удаляем с сервера. Далее можно самому разобраться чего там в файле опасного, а можно обратиться за помощью к знающему человеку. Возможно файл нужный, просто в нем есть то чего не должно быть.
! Не забываем удалить файл ai-bolit.php
Позже опубликую Вариант 2