Вероятнее всего используются разные версии php или режим работы php в принципе. Для домена и поддомена они могут быть разными. На одном www-домене максимально разрешённая загрузка два мегабайта (как практически везде по умолчанию), а на другом уже изменённые настройки и разрешена загрузка, к примеру, до 128 мегабайт. Изображение из ISPmanager, из настройки версии PHP прикрепил. В остальных панелях настройки схожие. Проще всего обратиться к хостеру. Но если у вас свой сервер и нет панели, то данные настройки осуществляются индивидуально.