Многие веб-мастера встречались с такой проблемой, как невозможность удалить папки и файлы по FTP. Не помогало ничего - ни выставление прав доступа, ни попытки удалить файлы и папки с помощью встроенного в панель хостинга файл-менеджера. И начинались пляски...
Причина, собственно, понятна - если папки и файлы созданы не конкретно вами, а скриптом или веб-инсталлером, то их владелец - не вы, а рут сервера. Лечится такое очень ограниченным количеством способов, самый надежный из которых - обращение в саппорт, а самый хитрый - написание скрипта, который бы от имени сервера удалял папки. Но не всегда так уж необходимо обращаться в саппорт и ждать реакции, а также изучать и применять php. В некоторых случаях присутствуют другие инструменты.